本競走は、1966年に2歳（旧表記3歳）の重賞競走「北海道3歳ステークス」として創設され、1968年まで札幌競馬場の砂コース1200メートル（左回り）で行われた。1969年から1974年まで左回りのダート1200メートルで行われたのち、1974年の馬場改修に伴い1975年からは右回りのダート1200メートルに変更された。1989年に、札幌競馬場に芝コースが新設されたが、同年は芝の育成・保護のため函館・芝1200メートルで行われ、翌1990年から札幌・芝1200メートルとなった。その後、1997年に2歳馬重賞競走において早期から距離適性に合った競走を選択できるよう距離体系の整備が図られ、芝1800メートルに変更された。また、レース名は1983年に「札幌3歳ステークス」に改称されたのち、2001年の馬齢表記の変更に伴い、現在の名称「札幌2歳ステークス」に改められた。