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家畜伝染病予防法で定められた制度である。国内に伝染病を持ち込まない、あるいは国外に伝染病を持ち出さないために、外国馬や日本からの遠征馬に対して、一定期間の他馬からの隔離や検査が行われる。ジャパンカップ競走等の国際招待競走に出走するために一時的に入国する外国馬については、農林水産大臣より検査場所指定を受けた国際きゅう舎地区で輸入検疫を受けることが可能である。